• 永續智慧電子商務研究中心
• 晶體研究中心
• 策略與人力資本研究中心
• 氣膠科學研究中心
• 6G通訊與感測研究中心
• 代謝異常脂肪肝卓越研究中心

編制內跨院一級研究中心

• 智慧操控水下載具平台技術研發學研中心
• 跨文化共生國際漢學研究中心

任務編組一級研究中心

• 南區促進產業發展研究中心
• 海洋科技研究中心
• 水資源研究中心
• 智慧電子商務研究中心
• 海洋政策研究中心
• 奈米科技研發中心
• 創意與創新研發中心
• 新興污染物研究中心
• 雲端運算研究中心
• 資訊安全研究中心
• 無線寬頻通信協定跨校研究中心
• 數位內容及多媒體技術研究中心
• 智崴資訊科技發展研究中心
• 毒藥物暨生醫快篩科技研究中心
• 日月光聯合技術研究中心
• 人工智慧研究暨產業推廣中心
• 南島民族社會文化發展中心
• 代謝異常脂肪肝卓越研究中心
• 策略與人力資本研究中心
• 海洋永續推動研究中心
• 碳權研究與服務中心
• 工程技術研究推展中心

任務編組二級研究中心

• 日本研究中心
• 民意與市場調查研究中心
• 李登輝政府研究中心
• 評估研究中心
• 公民素養推動研究中心
• 運動健康產業研究中心
• 社會企業發展研究中心
• 氣膠科學研究中心
• 臺港國際研究中心

任務編組三級研究中心

• 金屬物性與微結構研究中心
• 客家研究中心
• 功能性高分子及超分子材料研究中心
• 綠能關鍵材料研究中心
• 先進綠能動力車輛與載具研究中心
• 理論與計算物理研究中心
• 高屏澎區域運輸發展研究中心
• 淨零排放暨資源循環技術研究中心

• 管理學術發展辦公室

• 新海研3號研究船
• 新海研3號貴重儀器使用中心
• 漁業推廣委員會
• 東沙國際海洋研究站
• 臺斯環境變遷海外科研中心
• 臺帛海洋科普教育中心